全すべてのバトルスピリッツの始はじまりの世界せかい、スピリッツワールド。
かつて恐おそるべき邪神皇じゃしんおうがスピリッツワールドを崩壊ほうかいの危機 き きにおとしいれた時とき、時ときの勇者ゆうしゃたちは十二神皇じゅうにしんおうの力ちからをもってその悪あくの力ちからを封印ふういんした。
それから長ながい時ときを経 へて、今再いまふたたび、邪神皇じゃしんおうを復活ふっかつさせんとする悪 あしき者ものが現あらわれた……。

「十二神皇じゅうにしんおうに選えらばれし勇者ゆうしゃたちよ、共ともに世界せかいを救すくってください——」

バトスピ大好だい すき少年しょうねんの茂上駿太もがみしゅんたは、ある日 ひ、カードに導みちびかれて異世界いせかい「スピリッツワールド」に召喚しょうかんされてしまう。駿太しゅんたを召喚しょうかんした巫女み このエトは、邪神皇じゃしんおうの復活ふっかつによるスピリッツワールド滅亡めつぼうの危機 き きを訴うったえる。それを阻止 そ しするには、再ふたたび十二神皇じゅうにしんおうの力ちからを集結しゅうけつさせなくてはならないという。
駿太しゅんたはエトに導みちびかれ、同おなじく別世界べつせかいから召喚しょうかんされた少年しょうねん、ヨク・アルバトロサと共ともに世界せかいに散 ちった十二神皇じゅうにしんおうを探さがす旅たびに出 でる。

果 はたして彼かれらは世界せかいを救すくうことができるのか!?
少年しょうねんたちの冒険ぼうけんが、今いま始はじまる！